Nació el 28 de agosto de 1814 en La Paz, en el seno de una familia de clase media acomodada dedicada al comercio formada por su padre José Benito Pérez Pacheco y su esposa.
A los 14 años Juan José se unió al ejército boliviano participando en las primeras campañas militares de ese país, pero no sería hasta el gobierno del mariscal Andrés de Santa Cruz cuando empezó su ascenso en la milicia tomando parte en las distintas empresas que el mariscal emprendió en Perú para lograr la creación de la Confederación Perú-Boliviana. Durante este último conflicto cayó prisionero del ejército chileno pero escapó y tras pasar por Ecuador donde, tras su derrota en Yungay, se encontraba Santa Cruz regresó a Bolivia con la misión de trabajar en el regresó del derrocado presidente y ex protector de la Confederación.