Nació en 1859 en Santiago. Hijo de don Alejo San Martín Fernández y doña María Astorga.
Al iniciar la guerra del Pacífico, fue nombrado Teniente del Batallón Cívico movilizado Cazadores del Desierto, luego estuvo presente en el Regimiento Carabineros de Yungay.
Ascendido al grado de Capitán en febrero de 1880, fue luego designado como ayudante al Estado Mayor de la II División. Participando en la campaña de Lima, en las batallas de San Juan (Chorrillos), y Miraflores (13 y 15 de junio de 1881 respectivamente).
Finalizada la Guerra del Pacífico, regresó a Chile, para posteriormente formar parte en la Revolución de 1891, en la filas del Ejército Constitucional siendo comandante del Regimiento de Guardias nacionales Santiago.