Nació en Lima, el 24 de septiembre de 1850. Era hijo del Doctor Juan de los Heros Castañeda y de Doña Petronila Aguilar Ramírez de Arellano. Su padre era un reconocido magistrado, que ocupó diversos cargos, entre ellos Juez de 1ª Instancia, Fiscal de la Corte Superior de Lima, diputado por la provincia de Cañete, y en sus últimos años Fiscal de la Corte Suprema. Asimismo, formó parte de la bohemia limeña, siendo amigo de Ricardo Palma.
Inició sus estudios en el Colegio Nuestra Señora de Guadalupe, pasando posteriormente al Colegio Militar. El 29 de Julio de 1868 obtuvo el título de Guardiamarina de la Armada. Ese mismo año se embarcó rumbo a los Estados Unidos con la misión de conducir al Callao a los monitores Manco Cápac y Atahualpa. En 1870 los buques ingresaron al Callao, y De los Heros recibió el ascenso a la clase de Alférez de Fragata.